Sekwencjonowanie kliniczne całego egzaminu w celu rozpoznania zaburzeń mendlowskich AD 4

Pozostałe warianty porównano obliczeniowo z listą zgłoszonych mutacji z Human Gene Mutation Database.17 Warianty w tej bazie danych z mniejszą częstością alleli mniejszą niż 5% zgodnie z projektem 1000 genomów 18 lub danymi ESP5400 z National Heart, Lung oraz projekt instytutu krwi GO Project Exome (http://evs.gs.washington.edu/EVS) zostały zachowane. W przypadku zmian, które nie znajdują się w bazie danych mutacji genów ludzkich, warianty synonimiczne, warianty intronalne, które przekraczały 5 bp od granic egzonów (które prawdopodobnie nie wpływają na łączenie matrycowych RNA) oraz powszechne warianty (częstość mniejszych alleli,> 1%) były również odrzucono (rysunek 1). Interpretacja danych
Warianty sekwencjonowania całego egzomu (tj. Mutacje sekwencji DNA), które pozostały po etapach opisanych powyżej, zostały sklasyfikowane jako szkodliwe mutacje (potencjalnie patogenne warianty), warianty o nieznanym znaczeniu klinicznym lub łagodne warianty, zgodnie z wytycznymi interpretacji American College Genetyki i Genomiki Medycznej (ACMG) .19 Mutanty i warianty o nieznanym znaczeniu klinicznym zostały następnie sklasyfikowane jako powiązane lub niepowiązane z fenotypem pacjenta i jako potencjalnie działające medycznie mutacje, mutacje recesywne u nosicieli lub mutacje bez znanych stowarzyszeń chorobowych.
Kryteria diagnostyczne
Zastosowaliśmy rygorystyczne kryteria określania przyczynowych alleli. Potwierdzone warianty musiały wystąpić w genach, w których wcześniej zgłaszano mutacje powodujące chorobę z prezentacją zgodną z obserwowaną u pacjenta. Powtarzające się allele zdobyły najwyższe oceny. Wszystkie allele zostały zbadane w celu określenia ich zgodności ze szkodliwymi mutacjami z kategorii ACMG (wcześniej zgłoszono, że są szkodliwe) lub kategorii 2 (przewidziana jako szkodliwa) .19 Ocena szkodliwego statusu nowatorskich lub rzadkich zmian została wsparta przez baterię w programy prognozowania silico, 20, które były używane jedynie jako przewodnik i nie były całkowicie uwzględniane. Wzorce rodzinnej segregacji zostały przetestowane w celu zidentyfikowania spodziewanych sposobów dziedziczenia i uwzględniono podobieństwo zidentyfikowanych fenotypów do tych opisanych w poprzednich raportach (rysunek 1).
Wszystkie domniemane allele przyczynowo-skutkowe poddano obszernej literaturze i przeszukano bazy danych, a wyniki omówiono podczas sesji okrągłego stołu przez dyrektorów laboratoryjnych i lekarzy z odpowiednią wiedzą kliniczną. Ta recenzja czasami skutkowała przeklasyfikowaniem statusu wariantu, z powodu niejednoznacznych zapisów w bazach danych lub w literaturze. Dla każdego z 62 przypadków twierdzenie o przyczynowości zależało od zgody lekarza kierującego na diagnozę molekularną.
Raportowanie danych
Interpretację klinicznych danych sekwencjonowania całego egzema w naszym ośrodku wykonał zespół osób reprezentujących kilka obszarów wiedzy
[przypisy: test integracji sensorycznej, złamanie podudzia, ośrodki leczenia uzależnień nfz ]

Powiązane tematy z artykułem: ośrodki leczenia uzależnień nfz test integracji sensorycznej złamanie podudzia