Sekwencjonowanie kliniczne całego egzaminu w celu rozpoznania zaburzeń mendlowskich AD 3

Łączne, zdiagnozowane zgłaszanie tych danych zostało zatwierdzone przez lokalną instytucję ds. Przeglądu bez potrzeby uzyskania świadomej zgody. Sekwencjonowanie całego wyjścia i potwierdzenie wariancji
Protokoły sekwencjonowania i analizy całego egzaminu opracowane przez Human Genome Sequencing Center w Baylor College of Medicine zostały zaadaptowane do badania klinicznego sekwencjonowania całego egzonu. Pokrótce, próbki genomowego DNA z probandów zostały pofragmentowane z użyciem sonikacji, zligowane z multipleksowanymi parami sprzężonymi z Illumina, zamplifikowane za pomocą testu reakcji łańcuchowej polimerazy z użyciem starterów z sekwencjonowaniem kodów kreskowych (indeksów) i zhybrydyzowane do znakowany biotyną VCRome, wersja 2.1, 14 oparty na roztworze odczynnik wychwytujący egzogen, który został zaprojektowany wewnętrznie i jest dostępny na rynku (Roche NimbleGen). Hybrydyzację przeprowadzono w 47 ° C przez 64 do 72 godzin, a sekwencjonowanie w parach końca (100 bp) przeprowadzono na platformie Illumina Genome Analyzer IIx (24 przypadki) lub na platformie Illumina HiSeq 2000 (226 przypadków), aby zapewnić średnią pokrycie sekwencji większe niż 130 ×, przy czym ponad 95% docelowych baz posiada co najmniej 20-krotne pokrycie (tabela S1 w dodatkowym dodatku, dostępna w pełnym tekście niniejszego artykułu).
Warianty, które uznano za klinicznie istotne, potwierdzono za pomocą sekwencjonowania Sangera. Próbki rodziców, jeśli są dostępne, również analizowano za pomocą sekwencjonowania Sangera w celu ustalenia, czy zmutowany allel został przekazany, a jeśli tak, przez kogo. W każdym przypadku badano kilka rzadkich wariantów (zazwyczaj od pięciu do ośmiu) u probantów i członków rodziny. W ten sposób można byłoby znaleźć przypadek nienarodzonego dziecka.
Analiza danych i adnotacja
Przed interpretacją kliniczną dane były analizowane i opisywane za pomocą opracowanego przez siebie rurociągu (www.tinyurl.com/HGSC-Mercury, patrz Dodatek Uzupełniający). Pokrótce, dane wyjściowe z Illumina Genome Analyzer IIx lub HiSeq 2000 zostały przekształcone z pliku bcl do pliku FastQ za pomocą oprogramowania Illumina Consensus of Sequence and Variation, wersja 1.8, i zmapowane do sekwencji haploidalnej ludzkiego genomu ( Genom Reference Consortium ludzki genom kompilacji 37, ludzki genom 19) za pomocą programu BWA.15 Wywołania wariantowe, które różniły się od sekwencji referencyjnej, uzyskano za pomocą Atlas-SNP i Atlas-indel.16 Inna firma program CASSANDRA został użyty do wariantowego filtrowania i adnotacji (patrz dodatek dodatkowy).
Rysunek 1. Rysunek 1. Klasyfikacja, potwierdzenie i raportowanie wariantów w próbkach do sekwencjonowania całego egzaminu. Warianty zostały zidentyfikowane przy użyciu Atlasa-SNP i Atlasu-Indel.16 ESP oznacza dane ESP5400 z Narodowego Projektu Heart Hollow, The Lung and Blood Institute GO, HGMD Human Gene Mutation Database, częstość drobnych alleli MAF, TG 1000 genomów Projekt i warianty VUS o nieznanym znaczeniu klinicznym.
Warianty z suboptymalnymi wynikami jakości zostały usunięte z analizy
[więcej w: USG piersi, Warszawa ginekolog, młyny kulowe ]

Powiązane tematy z artykułem: młyny kulowe USG piersi Warszawa ginekolog